そのようなケースでの税務調査リスクは非常に高いです。
消費税相当額のお金はお客さんから預かったものであり、消費税の申告を免れるということはその預かったお金をネコババする行為だからです。
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消費税の税務調査は特にリスクが高い
消費税について税務署は相当な力を入れて税務調査を実施しています。
消費税は、他人から預かった税金という性質を持っており、申告漏れや免除不正があった場合、預かったお金を横領したことになるため、厳しくチェックされる傾向があります。
そのため、特に売上が1,000万円を超えているのに売上を一部除外して1,000万円未満として消費税の申告を免れようとした人に対しては税務調査で厳しく追及が行われます。
実際に、消費税については法人税や所得税と比べてはるかに少ない追徴税額でも査察事案の対象となることがあります（強制的な税務調査で、差し押さえや逮捕に発展する場合もあります）。
また、消費税については、本来申告が必要なのに申告していない潜在的な消費税課税事業者についても、税務署は全力で把握するよう努めています。そのため、売上の除外などは絶対にしないでください。
消費税を免れようとした売上1,000万円未満の申告書は特に危ない
消費税の申告義務については、法人経営者・個人事業主の場合、原則として２年前の売上高が1,000万円を超えている場合に該当します。
税務調査の立ち合いを依頼される方の中には、意図的に売上を除外して毎年の売上を990万円前後に留めていたという方もいます。
もちろん、偶然にそのような売上高になったのであれば全く問題はありません。しかし、意図的に売上を除外してその数値になっているのだとしたら、税務調査に来て欲しいと言わんばかりの申告書になっています。
税務調査官は法人税や所得税だけでなく、消費税についても相当念入りに調べることが多く、特に潜在的な消費税の課税事業者（消費税の申告が必要な人）を把握することが重要視されています。
たとえば、申告書上の売上高は990万円となっているが本当は1,000万円を超えているのではないか、といった観点で税務調査が行われます。
税務調査において新たに消費税の課税事業者を見つけ出すと、経費がなければそれだけで1,000万円×10%で100万円、7年遡って5年分の課税としても500万円（＋過少申告加算税や重加算税）といった高額な追徴税額となります。
そのため、消費税の課税事業者を見つけた税務調査官は税務署内での評価が高まります。そういった理由もあり、消費税についても厳しく納税義務の有無についてチェックが行われます。
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